通过对比原有计税工资税前扣除和工资薪金据实扣除，可以找出征管方面的局限，并据以完善。
一、扩大扣除范围引发的问题
虚增职工人数。部分企业通过伪造职工工资表等方法虚增职工人数，通过虚增劳务报酬虚增成本，或虚假雇佣兼职促销人员，并支付免征额以下的工资。
虚增职工工资。企业虚增职工薪金，虽然多缴了个人所得税，但多缴纳的税额少于扣除后少缴纳的企业所得税税额。
重复扣除职工薪资。企业将同一个职工的薪资不仅计入管理费用，还计入生产成本。
二、税务机关面临的征管难点
工资的合理性很难把握。国税函〔2009〕3号文件没有提到行业及地区以何种数据作为依据，仅靠税务机关自由裁量。
企业在职职工无法核实。税收管理员对应上百家企业，在职人员时有变动，难以核实。
实发职工薪金与账面职工薪金是否一致难以掌握。即使工资领取单有职工签名，账载金额也可能大于实发金额，税务机关很难确认。
三、完善税前扣除的两点建议
充分利用征管数据加以统计分析，分地区和行业计算合理的工资薪金范围。从企业填报的财务数据中利用信息化手段计算出合理工资薪金的范围，进而指导税收征管工作。
运用计算机对征管系统的统计数据加以分析，将单位企业与行业地区平均水平进行对比，计算出平均值、最大值、最小值、方差离散系数、离散度等，作为风险预警的依据。
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